Pačius seniausius laikus mena akmens amžiaus stovyklos Zackagirio ir Grūdos santakoje bei prie Versminio ežero. Marcinkonys yra vienas iš didžiausių Lietuvos kaimų, kuriam pradžią davė miško žvalgų gyvenvietė. Istoriniuose šaltiniuose ji minima jau 1637 m. Ši gyvenvietė išaugo antroje XIX a. pusėje, nutiesus Varšuvos-Sankt Peterburgo geležinkelį. Nutiesus geležinkelį, prasidėjo miškų kirtimas. 1914 m. vokiečių okupacinės valdžios nurodymu nutiesta 28,5 km ilgio siaurojo geležinkelio atšaka nuo Marcinkonių į Katrą, kuriuo dardėjo gražiausios girios pušys ir eglės. Siaurasis geležinkeliukas, vietinių gyventojų vadinamas Prancūzkeliu, buvo naudojamas iki 1974 m. medienai išvežti. 1912 m. Marcinkonyse buvo įsteigta nedidelė grybų džiovinimo įmonėlė. Grybai ir uogos šio krašto žmonėms visais laikais buvo pagrindinis pragyvenimo šaltinis.