Sidabriniame lauke trys juodos vilkų galvos su raudonais liežuviais. Skydo raudonoje galvoje penki auksiniai dvigubi kryžiai.
Istoriniai duomenys. Marcinkonyse -Varėnos rajono savivaldybės seniūnijos centras, įsikūręs prie Dorupio ir Grūdos upių. Vietovė pradedama minėti nuo XVI a.. Pirmoji bažnyčia pastatyta 1770 m., o dabar veikianti Šventųjų Apaštalų Simono ir Judo Tado – 1880 m.
Marcinkonys pradėjo augti XIX a. antroje pusėje, kai pro juos buvo nutiestas Peterburgo – Varšuvos geležinkelis ir čia įrengta geležinkelio stotis. Spaudos draudimo laikais vietos gyventojai daug prisidėjo prie lietuviškos spaudos platinimo, vėliau buvo aktyvūs šio regiono lietuvybės puoselėtojai ir gynėjai. Ypač daug vargo ir persekiojimų marcinkoniškiai patyrė XX a. 3-4 dešimtmečiais, kai jie po Pirmojo pasaulinio karo pateko į Lenkijos valdžią. Už pasipriešinimą lenkams, 1922 m. čia buvo atsiųsta baudžiamoji kuopa, keletas žmonių žiauriai nužudyta. Marcinkonių gyventojai 1922m. boikotavo lenkų surengtus rinkimus į vadinamosios „Vidurio Lietuvos” Seimą, pasirašė bendrą Vilniaus krašto lietuvių memorandumą apie okupacinės valdžios skriaudas ir žiaurumus. Jis buvo įteiktas Lietuvos Respublikos Prezidentui ir užsienio valstybių atstovybėms Kaune.
Bene labiausiai vietos gyventojai išgarsėjo lietuviškais kryžiais, kurių statyba ypač pagyvėjo nuo 1930 m., minint Vytauto Didžiojo mirties metines. Dalis kryžių buvo panašūs į vyčio kryžius, tai yra buvo sudaryti iš dviejų kryžmų, kaip Lietuvos valstybės herbe. Lietuviai juos statė, o lenkai viešai, kitą kartą ir slapta griovė ir naikino. Toks kryžius 1933m. pabaigoje buvo pastatytas ir Marcinkonių miestelyje. Lenkų policijos komendantas įsakė jį nugriauti, bet neatsirado nė vieno žmogaus, kuris tai padarytų net už lenkų siūlomus pinigus. Jį pavyko nugriauti ir sunaikinti tik pasamdžius darbininkus iš kitur. Po šio įvykio kilo dideli neramumai, buvo užvesta byla, kuri pasiekė net Lenkijos seimą. Kita vertus, miestelis apsuptas didelių miškų. Jame 1957 m. buvo įkurtas Marcinkonių miškų ūkis, priklausęs Varėnos miškų ūkio gamybiniam susivienijimui. Apylinkės miškuose gausu laukinių žvėrių, uogų, grybų.
Iki šiol Marcinkonys herbo neturėjo. Svarstant jo motyvus, nutarta pavaizduoti du simbolius. Skydo raudonoje galvoje įdėti penkis auksinius dvigubus kryžius, kurie primintų vietos gyventojų pasipriešinimą okupacinei lenkų valdžiai, o raudona spalva parodytų pralietą kraują kovose už Lietuvos laisvę. Apačioje, sidabriniame lauke, vaizduojamos trys juodos vilkų galvos. Čia iš tikrųjų veisiasi šie vis labiau nykstantys laukiniai miško žvėrys. Jie rodo ne tik apylinkių gyvūniją, bet ir tai, kad Marcinkonis supa dideli miškai, kurie yra vienasis gyventojų verslo, taigi ir gerovės šaltinių.
Dailininko Arvydo Každailio sukurtą naują Marcinkonių herbą Lietuvos heraldikos komisija aprobavo 2004 m. gegužės 6 d.