1637 m. minima miško žvalgų gyvenvietė. 1770 m. čia kaip Merkinės filija pastatyta pirmoji Marcinkonių bažnyčia. 1777 m. įkurta parapija, ji veikė trumpai, atkurta 1921 m. Kaimas pradėjo augti XIX a. antrojoje pusėje, kai pro jį buvo nutiestas Sankt Peterburgo–Varšuvos geležinkelis ir pastatyta geležinkelio stotis, aplink Marcinkonių stotį išsiplėtė gyvenvietė, kuri XX a. antroje pusėje susijungė su kaimu. Dirbamos žemės buvo mažai, gyventojai vertėsi miško darbais, amatais, nuo XIX a. pabaigos rinko grybus ir spanguoles; surinktos gėrybės traukiniais buvo išvežamos ir į Sankt Peterburgą bei Varšuvą, dėl to Marcinkonyse apsigyveno žydų – prekybos tarpininkų.
1912 m. įsteigta grybų džiovinimo įmonėlė. Nuo 1896 m. čia buvo platinama draudžiamoji spauda lietuvių kalba, dirbo daraktoriai. 1911 m. įkurtas Šv. Kazimiero draugijos skyrius. Per Pirmąjį pasaulinį karą 1915 m. vokiečių okupacinės administracijos nurodymu medienai išvežti nuo Marcinkonių iki Katros upės nutiestas siaurasis geležinkelis, kuris veikė iki XX a. vidurio.
Po I pasaulinio karo, kai pateko Lenkijos valdžion, kuriai priklausė 1920–1939 m. Gyventojai buvo persekiojami už lietuvybės puoselėjimą ir gynimą, neapsieita ir be aukų – Lenkijos pasienio kariuomenė ir policija 1920 m. nukankino kun. P. Raštutį, 1923 m. – dar 2 gyventojus.
Labiausiai marcinkoniškius išgarsino lietuviški kryžiai (kaip valstybės herbe), kuriuos lietuviai statė, o lenkai viešai (kartais ir slapčia) griovė ir naikino. Toks kryžius buvo pastatytas Marcinkonyse 1933 m. pabaigoje. Policijos komendantas įsakė jį nugriauti, bet neatsirado žmonių, kurie padarytų tai net už lenkų siūlomus pinigus. Todėl kryžius sunaikintas tik pasamdžius darbininkus iš kitur. Po šio incidento kilo dideli neramumai, iškelta byla net pasiekė Lenkijos seimą. Veikė 2 (lenkų ir lietuvių) kooperatyvai.
1939–1940 m. kaimas buvo Baltarusijos TSR sudėtyje, 1940 m. rugpjūčio 3 d. atiteko Lietuvos TSR. 1941 m. rugsėjo mėn. nacių okupacinės valdžios įsakymu Marcinkonių miške netoli kaimo nužudyta apie 600 Marcinkonių ir Varėnos žydų. 1942 m. pavasarį įkurtas Marcinkonių getas. Po Antrojo pasaulinio karo Marcinkonių apylinkėse veikė Lietuvos partizanų Merkio rinktinės Marcinkonių batalionas; 1946 m. per jo kovotojų pasalą žuvo 3 Marcinkonių NKVD įgulos kareiviai ir 1 stribas. TSRS valdžia 1940–1941 m. ir 1944–1953 m. ištrėmė 103 Marcinkonių gyventojus.
(1943 m. įsteigta pradžios mokykla , 1944–1949 m. progimnazija, 1949–1954 m. septynmetė, 1954–2001 m. vidurinė, nuo 2001 m. Marcinkonių pagrindinė mokykla.
Skaitytojo Augusto grybai, rasti Marcinkonyse
1957 m. įkurtas Marcinkonių miškų ūkis, priklausęs Varėnos miškų ūkio gamybiniam susivienijimui, iki 1990 m. – Marcinkonių miškų ūkio centras. 1971 m. susikūrė Marcinkonių etnografinis ansamblis. 1991 m. įsteigus Dzūkijos nacionalini parką Marcinkonyse įsikūrė jo direkcija. Nuo XX a. pabaigos vėl suklestėjo miško gėrybių verslas. XXI a. pradžioje pradėta plėtoti kaimo turizmą. [2]
Yra ambulatorija, vaistinė, biblioteka, paštas (LT-65027), kultūros namai, girininkija, etnografinis muziejus (etnokultūrinio ir gamtosauginio švietimo centras). Kaime susibūrusi humoro grupelė „Spanguolė“, etnografinis ansamblis.
Dzūkijos nacionalinio parko Marcinkonių lankytojų centras
Marcinkonyse įsikūrusi Dzūkijos nacionalinio parko administracija ir informacinis centras (nuomoja dviračius, baidares), parko muziejus, Čepkelių gamtinio rezervato administracija (su rezervato gamtos ekspozicija-muziejumi), Etnografinis muziejus ir Tado Ivanausko zoologijos muziejaus filialas. Veikia užsienio ir šalies turistų pamėgti svečių namai „Ėglis“.
Marcinkonių etnografinis muziejus
Varėnos kultūros centras, Marcinkonių filialas.
Prieš pat Šv. Kalėdas, kai švenčiama žiemos saulėgrįža ir Elnio devyniaragio šventė,
Marcinkonyse vyko graži advento vakaronė „Kalėdų rytą saulė pražydo” . Joje buvo prisimintos Advento, Kūčių ir Šv. Kalėdų tradicijos, kurias pagarbiai puoselėjo ir iki šių dienų išsaugojo mūsų protėviai.
2004 m. patvirtintas Marcinkonių herbas.